يعتبر تفسير القرطبى موسوعة عظيمة حوت كثيراً من العلوم وأهم ما يميزه:
تضمنها أحكام القرآن بتوسع.
تخريجه الأحاديث وعزوها إلى من رووها غالباً.
صان القرطبى كتابه عن الإكثار من ذكر الإسرائيليات والأحاديث الموضوعة إلا من بعض مواطن كان يمر عليها دون تعقيب.
كما أنه كان إذا ذكر بعض الإسرائيليات والموضوعات التي تخل بعصمة الملائكة والأنبياء أو يخل بالاعتقاد فإنه يكر عليها بالإبطال أو يبين أنها ضعيفة كما فعل في قصة هاروت وماروت، وقصة داود وسليمان وقصة الغرانيق وزواج النبى بزينب بنت جحش وربما ينبه على بعض الموضوعات فى اسباب النزول وذلك مثل مارواه القصاص فى سبب نزول (ويطعمون الطعام على حبه مسكينا ويتيما وأسيرا )
اعتمد القرطبي في تفسيره على الحديث الشريف وقد سرد في هذا التفسير ما يزيد على 6500 حديث،وهذا العدد غير يسير مما يدل على اهتمامه بالحديث الشريف، وقد تكلم في بعض الأحيان على بعض الأحاديث ووصفها بالضعف، تارة من قبل نفسه، وتارة نقلاً عن غيره. وقد ذكرالأحاديث الواهية خاصة في الثلث الأخير من التفسير .
ما يؤخذ على كتابه في التفسير(الجامع لأحكام القرآن) نقول: مع أن تفسير القرطبى رحمه الله من أعظم التفاسير نفعاً إلا أنه لم يخل من بعض هَيْنَات - والكمال لله وحده - كان يمر عليها من دون تعليق أو تعقيب.
ومـن أمثلـة ذلك:
ماذكره من الإسرائيليات عند تفسيره لبعض الآيات ومنها ماذكره عند تفسير قوله تعالى:﴿ الَّذِينَ يَحْمِلُونَ الْعَرْشَ وَمَنْ حَوْلَهُ يُسَبِّحُونَ بِحَمْدِ رَبِّهِمْ ﴾[غافر:7]
فقد ذكر أن حملة العرش أرجلهم في الأرض السفلى ورؤوسهم قد خرقت العرش إلى غير ذلك من الأخبار الخرافية.
وقال العلامة ابو شهبه رحمه الله :
وقد وجد فيه بعض الاسرائيليات والموضوعات على قلة مثل: ماذكره عند تفسير (قالوا ياذا القرنين ) وتفسير قوله تعالى (ولقد همت به وهم بها )وقوله تعالى (إرم ذات العماد)